党群部门
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行政部门
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| 后勤保障部 | 审计处 | 国有资产与实验室管理处 | 产业管理处 |
直属单位
| 图书馆 | 档案馆 | 期刊社 | 招标采购中心 |
| 教育技术与教学资源中心 | 信息化办公室（网络中心） | 分析测试中心 | 博物馆 |
| 校友工作办公室 | 医疗保险管理办公室 | 校医院 | 心理健康教育中心 |
| 教学督导与评估办公室 | 继续教育学院 | 国际交流学院 | 资产经营有限责任公司 |
| 科技园 | 创新创业学院 |
附属单位
| 后勤服务集团 | 附属学校 | 第一附属医院 | 第二附属医院 |
| 第四附属医院 | 附属口腔医院 | 附属眼科医院 | 江西省医学科学院 |
校有产业
| 南昌客车厂 | 江南电子仪器厂 | 江西电子仪器厂 | 江南化工厂 |
| 江西昌大技工学校 | 江西第三机床厂 |
其他机构
| 海军驻南昌大学选拔培养办公室 | 人民武装学院 |